毛文龙直斥熊廷弼要挟皇上的言论已经在大明朝野传开，有如东林者就拍案叫好，立刻借着这个东风，对熊廷弼，然后扩大到楚党穷追猛打落井下石。有楚党恨毛文龙入骨，放弃了他们对毛文龙的争取，开始捕风捉影，开始拿捏事实进行大肆的攻击。有齐党北方党这样的小党派乐于作壁上观，乐于狗咬狗，保持了难得的沉默。

但是这个毛文龙的举动，直接导致了皇帝对熊廷弼态度的改变，直接下旨内阁，要求刑部等有司，将原本幽禁起来的熊廷弼捉拿入狱，穷究其罪。

内阁对皇帝的意思表示了坚决的抵抗，因为叶向高认为，如果将熊廷弼直接下狱，就是对楚党的彻底的打击，就会造成朝堂势力之间失去平衡，还有一点就是，叶向高考虑到孙承宗的重要地位，不可能将他老放在关外督师。在这个时候，能够保持势力平衡，稳定的只有两个人，一个就是自己的这个独相，努力的平衡党争，当然已经作到了筋疲力尽的地步。还有一个就是这位帝师，因为他广阔的人脉，在东林里具有最尊崇的地位，且出于公心，一直没加入到党争之中，而且他也反对党争。如果将孙师傅留在朝堂之上，它不但能影响皇帝的举措，更能影响东林党的想法，这样是自己掌控朝局的巨大臂助。所以，他认为孙承宗出外督师不过是暂时的，等度过了这段的危机，还需要熊廷弼出来继续经略辽东，所以他坚决的反对将熊廷弼打入大牢这种根本就没有一点后路的决断，于是叶向高就动了内阁的权力，将天启的圣旨直接拨回去了。

内阁是阻止了皇帝实行自己的决断，于是就在天启二年的4月份，对皇帝最忠诚的机构东厂，正式任命魏忠贤为厂督，彻底的解除了还套在他们身上的枷锁，被放了出来。

他们恢复了祖宗规定的职能，只对皇帝负责，不经司法机关批准，可随意监督缉拿臣民的超然手段，从而开明朝宦官干政之端，然后在魏忠贤的指使下，将软禁在家的熊廷弼，直接下入了锦衣卫的诏狱。正是通过这件事情，魏忠贤原先说在皇宫内的手，正式的向整个朝廷天下蔓延。

熊廷弼突然被下了诏狱，宣布这一场新的党争在朝堂上开始爆发，东林趁火打劫，步步紧逼，在不久的将来，以秋风扫落叶的形式，将其他的小党全部打败。

但是那些小党，并不能被东林收纳加入，他们为了自保，于是纷纷投向了内相魏忠贤，导致阉党形成。

孙承宗没有想到，自己没有规劝皇帝继续对熊廷弼给予优待，结果默许了这个正处在叛逆期，死要面子的小少年的决断，
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